リポジトリが大きくなってきたせいか、徐々に動作が怪しくなってきた(git pull が頻繁にこけるようになってきた)。で、いよいよ git push も git gc もできなくなった(signal 9 を吐いて落ちる)ので困って重い腰を上げてみた。
ググると permission がおかしくなったのではないかという記述もあったが、そんなはずはないのでもう少し調べてみると、どうも確保されているメモリが小さいせいで git が止まっている可能性が大。ということで、
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git config --global core.packedGitLimit 10m git config --global core.packedGitWindowSize 10m |
を実行。これで解決。
参考: (stackoverflow) git clone fails, git gc / gitconfig の基本を理解する